Метод Воза

В середине 1970-х годов Карл Воз предложил новый метод для анализа молекулярной филогении, основанный на секвенировании не белков, а нуклеиновых кислот. Показателем дивергенции служили не аминокислотные последовательности белков, а нуклеотидные последовательности универсально распространенных генов.

В качестве семантид были выбраны рРНК, т. е. полинуклеотиды, входящие в состав рибосом. Попарно сравнивались рРНК малой или большой субъединиц. В случае прокариотов это 16S рРНК и 23S рРНК, а в случае эукариотов— 18S рРНК и 28S рРНК.

Первоначально метод Воза заключался в секвенировании олигонуклеотидов с числом оснований 5-17, которые можно было получить из рРНК после обработки мелкорасщепляющей эндонуклеазой. Затем определяли нуклеотидные последовательности для фрагментов одинаковой длины, или «изоплит» (греч. isos — равный и plevra — сторона). Из этих «слов» составляли «каталоги» для каждого объекта и сравнивали их попарно.

Итогом сравнения служил «коэффициент подобия» (сокр. англ, similarity quotient; Sab), максимальное значение которого составляло 1,0 (100%). С учетом коэффициента подобия строились эволюционные деревья — дендрограммы.

По мере развития методов секвенирования от этого примитивного способа перешли на регистрацию позиционных совпадений в двух полинуклеотидных цепях. Для этого проводится операция «выравнивания» (англ, alignment — равнение в военном строю).