Два сценария развития архей

Из-за неоднозначной интерпретации результатов секвенирования рибосомных генов, а также на основе субъективного анализа комплекса геохимических, молекулярно-биохимических и цитофизиологических данных образовались два идеологических лагеря, представители которых по-разному видят филогению архей.

Сторонники «канонического» сценария, в частности Карл Воз, считают, что археи дивергировали с бактериями и эукариотами еще на заре клеточной эволюции. После этого свойства архей стабилизировались на уровне, отражающем адаптацию к экологическим условиям примордиальной биосферы. В этом случае сходство генов архей и бактерий объясняется «горизонтальным» переносом, который мог с высокой частотой происходить на раннем «прегенеалогическом» этапе клеточной эволюции.

Сторонники «еретического» сценария считают архей и эукариотов потомками бактерий, которые вторично адаптировались к экстремальным условиям, в частности к высоким температурам. Английский протистолог Томас Кавалье-Смит (Т. Cavalier-Smith) рассматривает архей и эукариотов как сестринские мегатаксоны и предлагает объединить их под названием «неомуры» (греч. neos — новый и лат. murus — стена; «имеющие клеточные стенки нового типа»). По его мнению, неомуры произошли от грамположительных бактерий в результате замещения муреинового слоя белковым S-слоем.

Дальнейшие исследования покажут, какая из этих точек зрения ближе к действительности .